Isos im aktiven Zustand? Zerfall bei Inaktivität?
Warum sollte soetwas nötig sein?

Nicht aktive Werften nutzen einen Slot auf der Kolonie und sind damit schon eine Investition. Außerdem kann man keine normalen Schiffe damit bauen. Als Konsequenz benötigt man extra Platz um NX-Schiffe zu produzieren.
Wenn man an dem Punkt ist, wo man mit 20 NX-Werften Schiffe pumpt, wird das ganze schließlich teuer. Um ein merklich besseres Schiff zu bekommen, muss man nunmal ordentlich Ressourcen reinstecken.

Wenn das ganze noch zu günstig ist, könnte man einfach den Ertrag bei Demontage für NX-Schiffe senken, um das ganze Investitionsreicher zu machen.
Alternativ eine andere Ware nehmen als Isos. 10 Deut wäre vllt. angemessen. Das Problem bei Isoverbrauch ist der hohe Wert von Isos. 1 Iso pro Werft pro Tick wäre nach meiner Einschätzung zu teuer und weniger Isos-verbrauch geht nunmal nicht.

Generell ist es günstiger die Usability von Protowerften eher etwas zu hoch zu regulieren, als das ganze von einer nutzlosen Spielart zur anderen zu ändern. Bei sollte Überregulierung stattfinden, wird man mehr Feedback bekommen und das ganze Balancen können im Gegensatz zum anderen Fall.
Wenn Probleme wie z.B. Massen an EMP-Sonden auftauchen, kann man da Ausnahmen für machen (EMP Angriffe für Sonden im beim Würfeln außschließen).